理查德·勒納(Richard Lerner)教授是享譽全球的免疫化學大師。這名美國國家科學院、醫學科學院、文理科學院三院院士在60多年的學術生涯中做出了諸多突破,并因其在抗體設計領域奠基性的貢獻,先后獲得沃爾夫化學獎和威廉·科萊獎等知名獎項。
勒納教授同時也是一位遠見者。早在1992年,他就與諾獎得主西德尼·布倫納(Sydney Brenner)教授提出了使用DNA編碼化合物庫(DEL),協助新藥發現的設想。20多年后,他們領先于時代的設想吸引了業界的廣泛興趣——越來越多的醫藥企業正在使用DEL技術,進行新藥發現。而多個新藥分子也已成功浮出水面,進入到后續的臨床研發之中。
作為DEL技術概念的最初設想者,勒納教授對這一轉變感到振奮,也同時指出了目前在應用上所存在的短板:“化學家有化合物,但不知道它們能結合什么靶點;而生物學家找到了許多靶點,卻不知道什么化合物能夠與之結合。”為了打通學術界與產業界的交流壁壘,去年12月,藥明康德聯合全球多家頂級學術研究機構共同發起了一個叫做DELopen的開放式平臺,推進這一顛覆性技術在新藥研發領域的應用,勒納教授出任DELopen科學顧問委員會的主席。談到這一平臺,勒納教授言語中充滿興奮之情:“這對全球新藥發現來說,具有顛覆性的潛力,它將真正釋放DEL技術的能量。”
DEL:顛覆性的合成篩選技術
在藥明康德的專訪中,勒納教授介紹了DEL技術的原理:“這個技術平臺能將遺傳物質與小分子藥物結合起來,以前所未有的規模進行合成與篩選。通過簡單的生物物理方法,我們能對數十億的分子進行合成篩選的工作。”而這有望大幅加速新藥發現的進程。
“具體來看,每一個小分子化合物都會通過共價的方法,連上一個獨特的DNA片段,”勒納教授解釋道:“(通過篩選,)對特定的靶點具有高度親和力的小分子會被洗脫下來,然后與之相連的DNA片段會得到擴增與測序。由于每一個DNA片段都是獨特的,我們可以根據測序結果,推斷最初與之相對應的是哪個小分子化合物。”隨后,研發人員們會再單獨合成這些化合物,用于后續的驗證與分析。
綜合來看,DEL在新藥發現方面具有多個優勢:第一,由這種方法產生的化合物庫,其規模可突破10億!第二,后續的篩選過程無需昂貴的特殊儀器,僅需一根試管即可完成;第三,通過DEL技術,我們還可以找到傳統方法難以發現的苗頭化合物。因此,目前業內人士普遍認為DEL技術是苗頭化合物發現過程中,最為快速和經濟的方法之一。它也被人稱為早期藥物發現的一大突破!
勒納教授指出,在短短的幾年里,DEL技術的潛力已經得到了多次驗證。譬如可溶性環氧化物水解酶抑制劑GSK2236294,RIP1激酶抑制劑GSK2982772,以及PAR2變構配體AZ3451,就都是通過DEL技術高效篩選出的創新分子,它們擁有研發人員們所期望的特性。
革新:發現更多天然新藥
在成功案例下,研究人員們并沒有就此停下創新的腳步。勒納教授透露,他的團隊最近正嘗試為復雜的天然有機分子添加上“DNA條形碼”,用于尋找更多天然新藥。勒納教授與合作伙伴們指出,傳統DEL技術合成的分子容易出現化學立體結構上的冗余。相比之下,天然分子有著更為豐富的特性。然而也正是由于天然分子的復雜,我們很難通過傳統方法對其進行合成。
面對這一瓶頸,勒納教授團隊開發了一種新型連接技術。“通過簡單的光照,我們可以將特殊的’接頭‘與DNA連到幾乎任何化合物上。”勒納教授說道。利用這一技術,研究人員們能夠給復雜的天然產物混合物打上標簽,進行新藥分子篩選。“我們對胰島素受體進行了篩選,找到了一個非常有趣的分子,”勒納教授介紹說:“我們篩選出了一個多環的二甲雙胍類似物,它的氮原子位置與二甲雙胍中的排列一模一樣!這簡直不可思議。在過去的文獻中,這個天然產物也曾被用來降低甘油三酯和血糖。”
無獨有偶,利用這一針對天然產物的DEL文庫,研究人員們還找到了一個全新的PARP1抑制劑。這個發現最近在線發表在了Angewandte Chemie雜志上。
未來:突破DEL的瓶頸
在DELopen,勒納教授出任主席的科學顧問委員會里,有著不少諾獎得主與科學大師。而他們也將發揮所長,協助突破DEL所存在的瓶頸。
DELopen科學顧問委員會成員
(按照姓氏字母排序)
1、Dr.Phil Baran,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute)
2、Dr.Carolyn Bertozzi,斯坦福大學教授(Stanford University);
3、Dr.Raymond A. Dwek,牛津大學教授(The University of Oxford);
4、Dr.Martin Friedlander,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute);
5、Dr.Michael Kaplitt,威爾康奈爾醫學院教授(Weill Cornell Medical College);
6、Dr.Roger Kornberg,斯坦福大學醫學院教授(Stanford University School of Medicine);
7、Dr.Casey Krusemark,普渡大學教授(Purdue University) ;8、Dr.David R Liu,哈佛大學Broad研究所麻省理工學院教授(the Broad Institute of Harvard MIT);
9、Dr.Alan Saghatelian,索爾克研究所教授(Salk Institute)
10、Dr.K.Barry Sharpless,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute);
11、Dr.Richard Soll,藥明康德高級副總裁(SVP of WuXi AppTec);
12、Dr.Chi-Huey Wong,斯克利普斯研究所教授(The Scripps Research Institute)。
勒納教授向藥明康德介紹說,由于DNA分子帶有較多電荷,過去的DEL文庫只能在親水介質中進行合成,因此大大限制了它的應用。而如今,在DELopen科學顧問Phil Baran教授與其合作伙伴Phil Dawson教授的探索下,一種新的分子修飾技術已告誕生。“它能讓我們在幾乎無水的有機溶劑中進行反應,”勒納教授說道:“如今,在DEL文庫的建立上,我們已經能使用更加復雜的合成化學技術。”
另一位科學顧問,2001年諾貝爾化學獎得主Barry Sharpless教授也在合成方面為DEL技術帶來了新的進展。利用亞硫酰四氟化物,他的團隊能夠將DNA與蛋白質進行連接。勒納教授點評說,這是一項從未有人使用過的新型化學。
在科學顧問們的不斷推動下,勒納教授期望DELopen平臺“能夠連接學術界與產業界,共同推廣DEL技術在新藥發現領域的廣泛應用”。在他看來,產業界將向這個公開平臺免費提供DEL化合物庫,而學術界則將尋找潛在的成藥靶點。在雙方積極的數據共享之下,我們能快速而有效地找到有成藥潛力的化合物。
勒納教授指出,由于這些化合物得到了DNA的特殊編碼,因此產業界不用擔心潛在的知識產權問題。而DELopen平臺應用的區塊鏈技術,也將進一步為知識產權提供強有力的保護。而對學術界而言,利用產業界提供的DEL化合物庫,研究人員們能從數十億,乃至數百億的化合物里對特定的靶點進行有效篩選,尋找新藥。“學術界能直接觀察化合物是否會影響到疾病模型,就像我們對于胰島素受體做的篩選那樣,”勒納教授補充道:“你能想象,這會對全世界的新藥發現帶來怎樣的變化!”
后記
作為DELopen平臺發起方之一,藥明康德向全球研究人員免費提供用于靶點篩選的DEL化合物庫,其化合物數量超過了28億。“我要為藥明康德喝彩,他們對下一代的新藥發現做出了重要貢獻,”勒納教授說道:“探索生物系統與尋找創新療法在通常情況下是兩回事,但我們如今可以同時進行這些工作。這正是這一卓越合作所帶來的變化。”
“患者想要得到更多新藥,我們都理解新藥發現的重要性。”勒納教授補充道。在學術界與產業界之間無私的合作下,我們終能釋放DEL技術的真正潛力,并通過協助進行靶點驗證,篩選潛在化合物,以及理順構效關系(SAR),為未來的新藥發現帶來變革,給全世界的病患帶來更多創新療法!
參考資料:
[1] A Conversation with Richard Lerner: DELopen Promotes Worldwide Academic Research Using DNA-Encoded Libraries, Far More Than Just a Numbers Game, Retrieved June 23, 2019, from http://wxpress.wuxiapptec.com/dna-encoded-libraries-lead-to-delopen-far-more-than-just-a-numbers-game/
[2] Peixiang Ma et al., (2019), Functionality‐Independent DNA Encoding of Complex Natural Products, Angewandte Chemie, DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201901485
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